در شش کيلومتري مرکز شهر قم کوهي وجود دارد که از فراز آن مي‌توان همه شهر را با يک نگاه طي کرد . اين کوه منسوب به حضرت خضر (ع) با قدمت سه هزار سال است .
مي‌ گويند بر قله اين کوه در سه هزار سال پيش غاري بوده است که حضرت خضر (ع) در آن غار به عبادت و نيايش مي‌ پرداخت ، غاري که امروز به مسجد کوچکي تبديل شده است و سال ‌ها پيش از اين در حالي که هنوز قم آنقدر بزرگ نشده بود که خود را به دامنه اين کوه برساند معبد عارفان و سالکان و اوتاد بود ، خلوت کده ‌اي براي شب زنده ‌داري و عبادت عالمان و عاشقان طريقت حق ؛ استاد مجاهد ي نقل مي کنند :
هنگامي که حضرت آقاي مجتهدي در قم اقامت داشتند با مسجد مقدس جمکران و کوه خضر بسيار مأنوس بودند . در آن زمان هنوز مسجد همان حالت قديمي خود را داشت و معنويت عجيبي بر فضاي آن حاکم بود و ايشان مي فرمودند :
مسير عبور حضرت ولي عصر – ارواحنا فداه – از زميني که مسجد مقدس جمکران در آن واقع است هنوز روشن و عطرآگين است و جان آدمي را مي‌ نوازد و آدمي را به خضوع و خشوع وا مي ‌دارد ،
برزميني که نشان کف پاي تو بود
سال ‌ها سجده صاحب نظران خواهد بود
کوه خضر نيز از اماکن مورد علاقه ايشان بود و در آن جا خلوت مي ‌کردند و به دعا و توسل مي‌ پرداختند . آن سال تصميم گرفته ‌بودند که اربعيني را در کوه خضر سپري کنند و لذا ده روز پيش از فرا رسيدن ماه مبارک رمضان به کوه خضر رفتند و در اتاقي که در آن جا بود ساکن شدند و ارتباطشان را جز با معدودي از دوستان قطع ... .
در روايات اسلامي نيز بر قداست کوهي سفيد که در اطراف قم و به نزديکي دهي کهن که در جنب مسجدي است و جمکران نام دارد تاکيد شده است . همان کوهي که به کوه خضر شهرت دارد و گويند پرچم قائم آل محمد " عج " را هنگام ظهور در آن مکان برافرازند مکاني که امروز به مسجد‌ گاهي براي عامه بدل گشته است و تفرجگاهي مذهبي براي زائران اين شهر و جايي براي کسب معنويت است . از طرفي رونق آن از علائم نزديکي ظهور حضرت مهدي (عج) است نه اين که حضرت از آنجا ظهور کنند ؛ در حديث معتبري از اميرالمؤمنين علي ( عليه السلام ) نقل شده است که ساخت مسجدي را در کنار کوه خضر که پايگاهي براي ياران امام موعود (ع) است خبر مي ‌دهد . اين حديث شريف که کلمه جمکران را نيز به همراه دارد در کتاب انوار المشعشعين ، ج 1 ، ص 454 فصل 10 ، نور سوم به طور مفصل نقل و شرح شده است .