دانشگاه جندي شاپور ( که بصورت جندي شاپور نيز ناميده شده ) در سال??? بدست شاهنشاهان ساساني در اهواز بنياد نهاده شد  . اين فرهنگستان همچنين داراي يک بيمارستان آموزشي و يک کتابخانه بود . بيمارستان جنديشاپور نخستين بيمارستان آموزشي جهان بود . در اين فرهنگستان دانش ‌هاي فلسفي و پزشکي تدريس مي‌ شد و بنا به روايات حبس و مرگ ماني پيغمبر نيز در جنديشاپور روي داده ‌است .

جنديشاپور يکي از هفت شهر اصلي خوزستان بود . نام آن در آغاز « گوند- دزي – شاپور » به معني « دژ نظامي شاپور » بوده ‌است . ديگر نام‌ هايي که براي آن به‌کار مي ‌رفته عبارت است از پيل‌ آباد ، خوز ، نيلاب ، نيلاط . در سرياني آن را بيت لاباط مي‌ ناميدند .

برخي پژوهشگران بر اينند که بنيادي همانند به جنديشاپور از زمان پارتيان در اين جايگاه قرار داشته ‌است . شهري به نام جنديشاپور را شاپور يکم فرزند اردشير ساساني پس از شکست دادن سپاه روم به سرکردگي والرين، بنا نهاد . شاپور يکم جنديشاپور را پايتخت خود قرار داد .

نام آوري جنديشاپور بيشتر در زمان خسرو انوشيروان ساساني انجام گرفت . خسرو انوشيروان گرايش فراواني به دانش و پژوهش داشت و گروه بزرگي از دانشوران زمان خود را در جنديشاپور گرد آورد . در پي همين فرمان خسرو بود که برزويه، پزشک بزرگ ايراني ، مأمور مسافرت به هندوستان شد تا به گردآوري بهترين‌ هاي دانش هندي بپردازد . امروزه شهرت برزويه در ترجمه ‌اي است که از کتاب پنچه تنتره هندي به پارسي ميانه انجام داد که امروزه به نام کليله و دمنه معروف است .

بنابراين فرهنگستان جنديشاپور از کانون‌ هاي اصلي دانش ‌ورزي ، فلسفه و پزشکي در جهان باستان شد . در برخي منابع اشاراتي به انجام آزمون و امتحان براي اعطاء اجازه طبابت به دانش ‌آموختگان دانشگاه جنديشاپور شده ‌است . کتاب « تاريخ الحکمه » ( سرگذشت فرزانگي ) به توصيف اين مسئله مي ‌پردازد . شايد اين نمونه نخستين برگزاري آزمون دانشگاهي در جهان بوده باشد .

تمامي کتاب ‌هاي شناخته شده آن روزگار در زمينه پزشکي ، در کتابخانه جنديشاپور گردآوري و ترجمه شده بود ، با اينکار جنديشاپور تبديل به کانون اصلي انتقال دانش ميان شرق و غرب گشت . جنديشاپور و همچنين آموزشگاه وانسيبين که پيش از فرهنگستان جنديشاپور در دزفول بنياد شده بود تأثير بزرگي در شکل گرفتن نهاد « بيمارستان » بويژه کلينيک آموزشي در جهان داشتند .

در سال ‌هاي آغازين پيدايش دين اسلام در عربستان ، دانشکده پزشکي و بيمارستان جنديشاپور شمار زيادي استاد ايراني ، يوناني ، هندي و رومي را در خود جا داده بود . گفته شده که حتي پزشک شخصي ، پيامبر اسلام ، نيز از دانش‌آموختگان ( فارغ‌التحصيلان ) دانشکده پزشکي جنديشاپور بوده ‌است .
امروزه در نزديکي جنديشاپور باستاني ، دانشجويان سنت فرهنگي و دانشي آن کانون باستاني را ادامه مي ‌دهند .

به نقل از تاريخ علوم عقلي در تمدن اسلامي در مورد جنديشاپور :
معرب اين اسم جنديساپور است  . جغرافيادانان اسلامي اين شهر را به خصب نعمت و نخل و زرع و رودخانه هاي بسيار ستوده اند . و گنديشاپور معرب « گندشاه پوهر » است و اصل آن « وه اندوشاهپوهر » يعني « به از انطاکيه ، شاهپور » و به عبارت ديگر « شهر شاپور بهتر از انطاکيه » است  . محل آن در خوزستان واقع در شرق شوش و جنوب شرقي دزفول و شمال غربي شوشتر کنوني بوده است  . باني آن بنابر مشهور شاپور اول (241 - 271 م  .) بوده ، وي از اسيران رومي دسته اي را به کار بناي آن شهر گماشت  . گندي شاپور از آغاز کار مرکزيت علمي يافت و حتي به نقل بعضي از مورخان شاپور فرمان داد عده اي از کتب يوناني به پهلوي ترجمه شود و آنها را در شهر مذکور گرد آورند و گويا به فرمان شاپور ، گنديشاپور مرکزيت طب يوناني يافته بود . در عهد شاپور دوم ( ذوالاکتاف ) (310 - 379 م  .) تيادورس طبيب نصراني براي معالجه شاهنشاه به دربار خوانده شده و شاپور او را در گنديشاپور مستقر ساخت  . وي در آن شهر اشتهار يافت و طريقه طبابت او معروف شد و کتابي را منسوب بدو به نام « کناش تيادورس » بعداً به عربي درآوردند . بعد از نشر مذهب نسطوري در ايران بيت لاباط ( در گنديشاپور بود ) که سابقه اي ممتد در عيسويت داشت  . يکي از بزرگ ترين مراکز مذهبي عيسويان ايران و يک حوزه ديني ( متروپوليتن ) بزرگ و از مهمترين مراکز تجمع علماي عيسوي و محل تعليم طب يوناني و آميزش آن با طب ايراني و هندي شد و اين ترقي خصوصاً درعهد انوشيروان بيشتر براي آن حاصل گشت ، چنانکه دانشمندان سرياني زبان ايراني و علماي هندي و زردشتي در آنجا مشغول کار بودند . توجه اين علما کمتر به فلسفه و رياضيات و بيشتر به طب بوده و اصولاً مدرسه طب گنديشاپور و بيمارستان آن در اواخر عهد ساساني به مراحل عالي شهرت ارتقاء جسته بود . در اين مدرسه از تجارب ملل مختلف يعني طب ايرانيان و هندوان و يونانيان و اسکندرانيان و علماي سرياني زبان استفاده مي شد ولي همه آنها را با تصرفاتي قبول کردند چنانکه طب ايراني به قول قفطي از طب يوناني کاملتر شده بود  . در بيمارستان گنديشاپور عده اي از اطباء هندي ميزيستند که به آموختن اصول طب هندي اشتغال داشتند و چند کتاب از آثار طبي هند به پهلوي ترجمه شده بود که بعداً به عربي درآمد و در طب اسلامي از اين آميزش اثر فراوان باقي مانده و از ايران پيش از اسلام به مدن اسلامي نقل شده است  . شهرت بيمارستان و مدرسه طب گنديشاپور محصلين ملل مجاور را هم به آنجا جلب ميکرد و از آن جمله است الحارث بن کلده الثقفي طبيب معروف عرب  . اين مدرسه و بيمارستان و شهرت روساي آن تا مدتي از دوره اسلامي هم با قوت سابق باقي ماند چنانکه چون ابوجعفر منصور دوانيقي در سال 148 ه.ق . به بيماري معده گرفتار شد و طبيبان درگاه در علاج اوفروماندند وي را به رئيس بيمارستان مذکور يعني بختيشوع پسر جورجيس راهبري کردند . جورجيس با واگذاشتن رياست بيمارستان به پسر خود بختيشوع به خدمت خليفه درآمد و پس از معالجت منصور نزد وي تقرب يافت و به اصرار خليفه چندي در بغداد بماند . وي از دوستداران تاليف و ترجمه بود و چون يوناني و پهلوي و سرياني نيک ميدانست چندين کتاب در طب از زبان هاي مذکور به عربي درآورد . حوزه علمي گنديشاپور از قرن سوم هجري که بغداد شهرت يافت مقام سابق خود را از دست داد .