اين بنا در ضع غربي ميدان امام (ره) ( نقش جهان ) واقع شده و در پشت به عمارت عالي قاپو است و يکي از بنا هاي سياسي - مذهبي در عصر صفوي محسوب مي‌ شود که به دليل اتصال آن به دولت خانه آن زمان و همچنين ميدان امام (ره) از اهميت خاصي برخوردار بوده و يکي از جايگاه ‌هاي مهم شيعيان دوره صفوي محسوب مي ‌شده است .

اين ساختمان که عمارت عالي قاپو قرار دارد روزگاري مطبخ و زندان کاخ بوده‌ است .

درباره باني و تاريخ تأسيس توحيد خانه ، در منابع اختلاف هست : در دستور الملوک ميرزا رفيع انصاري ( ميرزا رفيعا ) ، تأسيس و بناي توحيد خانه به طور ضمني به شاه اسماعيل اول صفوي ( حک : 907ـ930 ) نسبت داده شده است . به گفته وي ، شاه اسماعيل که به علت مشاغل سلطنتي عملاً از ارشاد مريدان بازمانده بود ، صاحب منصبي رسمي و غير نظامي با عنوان « خليفه الخلفا » تعيين کرد تا در توحيد خانه به ارشاد صوفيان و سالکان بپردازد ( ص 307ـ 308 ) . حسيني استرآبادي ، مورخ روزگار شاه سلطان حسين صفوي ( 1105ـ 1135 ) در تاريخ سلطاني ، دستور بناي توحيد خانه را به شاه عباس کبير ( حک : 996ـ 1038 ) نسبت داده است ( ص 134 ) . به نوشته نه چندان قابل قبولِ رستم الحکما ( ص 197 ) ، طهماسب قلي خان قرخلو ( نادر افشار ) ، به دستور طهماسب دوم صفوي ( حک : 1135ـ 1145 ) ، در شهر اصفهان پشت عمارت عالي قاپو ، گنبدي وسيع براي « صوفيان صافي ضمير صاحب ذکر » بنا کرد و آن را توحيدخانه ناميد .

همچنين گفته مي ‌شود اين بنا در عهد شاه عباس اول محل تجمع صوفيان بوده‌ است و گروهي از ايشان در شب هاي جمعه در اين محل ، گرد آمده و به جان شاه دعا مي‌ کرده‌ اند . حتي گفته شده که خود شاه نيز گاهي در اين حلقه حضور ميافته‌ است .

توحيد خانه در روزگار صفوي محل عبادت صوفيان و جايگاه « خليفه الخلفا » قطب و پيشواي صوفيان صفوي بود که به عنوان يک مکان مقدس ، گاه عدالت ‏خواهان در آن بست مي‏ نشستند و هيچ کس حق نداشت با سلاح وارد آن شود . توحيد خانه از لحاظ انگيزه تأسيس و نيز آيين ها و مراسمي که در آن انجام مي شده ، با مکان هايي مانند خانقاه ، زاويه و صومعه که بيشتر سلوک فردي صوفيان باعث تأسيس و رونق آنها بوده ، تفاوت داشته است .

بر اساس منابع موجود ، آيين ها و مراسم توحيد خانه بدين شرح بوده است : صوفيان بايست هر عصر در توحيد خانه حاضر و به ذکر و فاتحه خواني مشغول مي شدند . عصر روز پنجشنبه امرا و بيگلربيگيان و خان ها و سلاطين و عمّال هر ولايت ، « تاج بي جيقه و طومار » و به تعبير ميرزا علي نقي نصيري ، « تاج وَهّاج » ، بر سر مي نهادند و در توحيد خانه به نيت سلامتي شاه ، حمد و سوره مي خواندند . اگر کسي از اين رسوم تخلف مي کرد ، بايست به صوفيان وجهي مي پرداخت . اين آداب ، حتي در سفر ها نيز رعايت مي شد و « ناظران بيوتات » ، چادر توحيد خانه و فرش و غذا و ديگر مايحتاج سفر را براي صوفيان فراهم مي کردند . در منشآت ( موجود در کتابخانه مجلس شوراي اسلامي ، ش 2506 ) که ظاهراً همان تحفه شاهي نصيري طوسي ( نسخه پاريس ، رجوع کنيد به دانش پژوه ، ج 1، ص 223، 225 ) است ، فرماني با عنوان « حکم اشرف در باب نسق توحيد خانه صوفيان » آمده که طبق آن ذاکر توحيد خانه بايد ذکر بگويد و سوره فاتحه را قرائت کند و ستايش نامه اي را که در آن نام پيران سلسله از شيخ شهاب الدين اهري تا شاه عباس دوم آمده است ، بخواند ( انصاري مستوفي الممالک ، يادداشت هاي دانش پژوه ، ص 563 ) .

در سال‏ هاي حکومت قاجار ، ديگر اين محل يک مکان مقدس و امن به حساب نمي ‏آمد و در دوران پهلوي با يک اقدام نسنجيده گنبد توحيدخانه تبديل به زندان گرديد و در قسمتي از زمين ‏هاي توحيد خانه ساختمان‏ هايي براي شهرباني احداث گرديد .
اين بنا با مساحتي نزديک به هفت هزار متر مربع ( 6650 متر مربع ) ، اهميت ويژه‌ اي را در بافت تاريخي دوران صفوي اصفهان ، به خود اختصاص داده است .
بناي توحيد خانه ، در دوره پهلوي دوم و تا سال 1355 به عنوان زندان شهرباني اصفهان مورد قرار گرفته تا اينکه ، با پيروزي انقلاب شکوهمند اسلامي و نيز پس از انجام عمليات بازسازي و مرمت در سال 1363 ، در اختيار دانشگاه هنر قرار گرفت و به اين ترتيب ، کار مرمت و بازسازي در آن تداوم يافت .

معماري توحيدخانه و محوطه آن - بجز آنچه در دوره صفوي احداث شده و شامل بناي گنبد و قسمت هايي از صحن يا حياط جنوبي و جرز و دهنه هاي باقيمانده از ديوار شمالي متصل به عالي قاپو بوده است - به اين شرح است :

1) بنا هاي خشت و گلي با نماي آجري و طاق هاي جناغي در جبهه هاي شمالي ، غربي و جنوب شرقي . در سه جبهه شمال ، شرق و جنوب محوطه ، راهرو باريکي به عرض 180 سانتيمتر با جرز هايي به قطر تقريبي يک متر وجود دارد . نماي بيروني داراي قوس هاي نيم دايره است که در دوره دوم شاهان قاجار ( از ناصرالدين شاه به بعد ) به اقتباس از اروپاييان ساخته شده است .

2) ساختمان هايي که به علت تغيير کارکرد ، تغيير شکل يافته اند و پوشش مسطح دارند و راهرو آنها را به ايوان تبديل کرده اند .

3) معماري دوره هاي اخير که بيشتر با استفاده از آجر و سيمان اتاق هايي در فضاي باغ ساخته اند يا فضا هاي بزرگ تر را به فضا هاي کوچکتر تقسيم کرده اند .

قسمت داخلي گنبد توحيد خانه ، دوازده ضلعي است و براي تبديل پلان چند ضلعي به دايره ، طاقنما هايي ساخته شده که در لبه اين طاقنما ها نواري به عرض سه تا چهار سانتيمتر به رنگ قرمز ديده مي شود . در بالاي اين قسمت ، کتيبه اي از گچ مشتمل بر صلوات چهارده معصوم با خط ثلث سفيد بر زمينه لاجوردي ديده مي شود و در بالا و پايين آن نواري تزئيني از گل و بته ترسيم شده است . از تاريخ تحرير کتيبه و کاتب آن اطلاعي در دست نيست ( مقدس ، ص 14ـ17 ) .

اکنون توحيد خانه به عنوان مهمترين مرکز آموزشي دانشگاه هنر اصفهان مورد بهره ‌برداري قرار مي ‌گيرد و با زيربنايي در حدود 4000 متر مربع فضاي لازم را جهت فعاليت گروه‌ هاي آموزشي و بخش ‌هاي مختلف اداري ، خدماتي و رفاهي فراهم آورده است . دانشکده معماري ، ‌دانشکده تجسمي و کاربردي ، سالن اجتماعات ، دفاتر گروه ‌هاي آموزشي صنايع دستي ، فرش و نقاشي ،‌ کتابخانه مرکزي و آتليه ‌هاي معماري و نقاشي از جمله بخش ‌هاي مستقر در اين مجموعه است .

آماده سازي فضاي زمين شامل خاک برداري و بتن ريزي ، ساخت و نصب کانال ‌هاي تاسيساتي ، اجراي گچ و خاک و سفيد کاري دهانه ‌هاي آجري ضلع شمالي ، ‌اجراي کاهگل بام در مساحتي بالغ بر 4000 متر مربع ( 1375 ) اجراي نماسازي بدنه بيروني ضلع غربي ، تجهيز و نصب سيستم صوتي داخلي گنبد خانه ( 1376 ) . اجراي آجر فرش ضلع غربي به مساحت 500 متر مربع ، آغاز عمليات بازسازي و رواق ادامه نماي ضلع شمالي ( 1377 ) نورپردازي داخل گنبد خانه مرکزي ( آمفي تئاتر ) اجراي آجر فرش بام ( 1378 ) تکميل رواق ضلع شمالي و شکبه چيني يازده دهنه نما ، خاکبرداري و ساخت زير زمين در بخش مياني ضلع شمالي ، اجراي آجر فرش بام ، تجهيز و آماده سازي اتاق فرمان آمفي تئاتر ( 1379 ) و ... از جمله فعاليت ‌هاي دفتر عمراني دانشگاه هنر اصفهان در توحيد خانه را تشکيل مي‌ دهد .